Se cuenta con muy poca información sobre los chonos. Ni siquiera se tiene certeza de que sean un solo grupo indígena. De cronistas, navegantes y misioneros se heredó un nombre común y breves descripciones de su forma de vida y de sus embarcaciones. Se piensa que habrían tenido contactos con los huilliche de Chiloé y los kawashkar de más al sur, incluso algunos autores plantean que fueron una rama de estos últimos. El primer contacto entre chonos y españoles dataría de 1553. Entre los años 1557 y 1558, fueron avistados y descritos por la expedición de Juan Ladrillero y Francisco Cortés Ojeda. Se cree que eran alrededor de unos 1700 individuos, muchos de los cuales fueron apresados por las expediciones españolas que pasaron por sus costas para hacerlos esclavos y conducirlos a las minas del norte del país. Esto provocó su huída de las rutas marítimas. Algunos escaparon hacia el sur, a territorio kawashkar, otros buscaron refugio en las misiones jesuitas de Chiloé. Allí, en 1608, fueron bautizados unos pocos.